“顶级医院100强”采用的排名指标体系包括四个方面：医院最优规模（实开床位数、年门急诊量、年出院量、全院人数）；医疗技术（正高职称人数/全院人数、全院医师人数/实开床位数、医疗设备资产/总资产、年住院手术量/年出院量、国家级卫纪委临床重点专科/总专科书、ICU床占比）；医院运行（平均住院天数、床位使用率、门诊均次费用/当地人均GDP、住院均次费用/当地人均GDP、外省住院病人占比）；学术影响力（院士人数、学术领袖占比、教育部重点学科及重点实验室/总专科数、本年度获国家自然科学基金项目数量和总全额）。

同济医院心血管病学、呼吸病学、结核病学、消化病学、血液病学、肾脏病学、内分泌病学与代谢病学、风湿病学与自体免疫病学、变态反应学、传染病学、普通外科学、神经外科学、胸外科学、心血管外科学、泌尿外科学、骨外科学、整形外科学、妇产科学、儿科学、眼科学、耳鼻咽喉科学、口腔科学、皮肤病学、神经病学、精神病学、急诊医学、肿瘤学、护理学等28个学科名列全国医院学科排行百强。